在京華城獎勵容積是否違法部分，檢察官認定，柯文哲對都市更新相關法令具備高度專業認知。柯文哲在擔任市長期間，曾多次公開談論都市更新政策，並親自出席相關論壇與簡報。從卷證資料、幕僚簽呈內容及證人供述可見，京華城案自始即不符合都市更新適用要件，相關市府內部單位也曾表達疑義，提醒涉圖利，但柯文哲等共犯仍在多個關鍵節點指示推動，如柯文哲於2020年3月10日市府便當會裁示，將尚未正式送件的京華城陳情案提送委會研議，後續又核決相關簽呈、公展及都審程序，檢察官認為，柯等被告這些行為顯見明知違法而持續護航京華城案。
柯文哲與律師對此爭點在歷次庭訊表示，柯文哲在推動都市計畫變更程序中依循專業審查及市府既有程序，均是相信公務員及尊重專業，而非柯文哲個人違法決策。
第二個爭點在於京華城最終取得20%獎勵容積是否合法。檢察官認定，京華城土地原先經台北市政府核定容積率為560%，並已刪除12萬平方公尺的允建樓地板面積；該認定不僅完成市府程序，也歷經訴願及行政訴訟程序，未出現可推翻的事實或法令變更。然而在柯文哲與彭振聲等市府高層主導下，京華城案最終未依合法的土管條例(京華城須回饋7成獲利給市府)辦理，而是以準用都市更新相關規定的方式，讓不屬於都市更新的京華城換個方式取得高達20%容積獎勵，並順利核發建造執照。檢察官認為，這種方式實質上重新讓京華城取得原本已刪除的12萬餘平方公尺允建樓地板面積，柯文哲等被告涉圖利京華城逾121億元。
柯文哲辯護方則主張，京華城容積獎勵的核定程序中已包含都委會及相關專業意見，而最終決定是市府依法審查後的結果，都市計畫變更及容積認定涉及多個機關、多階段審議，不僅是單一市長裁示即可決定，柯文哲在便當會等的裁示更多是讓程序依既有法定程序向前推進，而非自行擴張權限。
第三個爭點則聚焦於柯文哲與市議員應曉薇是否涉及收賄。檢察官認定，柯文哲在京華城案推進期間，先後收受威京集團相關人士透過人頭捐款方式交付的210萬元款項，表面上以政治獻金名義捐款，但屬於賄款；其後建造執照核發後，柯文哲又另行收受1,500萬元現金賄款，構成違背職務收受賄賂罪。
至於應曉薇部分，檢察官指出，應曉薇在多年期間收受威京集團交付的高額款項，金額累計超過5,000萬元，並利用議員職權為京華城案陳情、施壓市府官員，介入都市計畫委員會及相關行政程序，柯、應均否認收賄。今全程錄音錄影後於宣判5日內播出，柯文哲抗告要求即時LIVE直播已遭高院駁回，確定無法直播。
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